//Codebehind tarafında javascriptimizi oluşturacak fonksyon
public void CreateMessageAlertInUpdatePanel(UpdatePanel up, string strMessage)
    {
        string strScript = "alert('" + strMessage + "');";
        Guid guidKey = Guid.NewGuid();
        ScriptManager.RegisterStartupScript(up, up.GetType(), guidKey.ToString(), strScript, true);
    }

// Kullanımı

CreateMessageAlertInUpdatePanel(Me.UpdatePanel1, "Merhaba")